Дафна вместе с друзьями отправляется в Японию на турнир по боевым искусствам. Вскоре на острове, где проходит состязание, появляется армия ниндзя во главе с призраком Чёрного самурая. Команда Скуби-Ду должна помешать злодею украсть свиток судьбы.

Действие разворачивается 20 тыс. лет назад. Чтобы избежать приближающегося из-за наступления ледникового периода холода, животные мигрируют на юг. Однако некоторые из них всё-таки решают остаться - одинокий, угрюмый мамонт Манфред, а также бесшабашный ленивец Сид.Случайно эта парочка наталкивается на человеческого детёныша. Они решаются вернуть его людям и отправляются в путешествие. По пути они встречают саблезубого хитрого тигра. И теперь этой веселой компании предстоят забавные приключения!